（一）忽視高新技術企業所得稅的優惠規劃

在高新技術企業認定之后，企業在充分享受國家給予的所得稅政策之前，需要對其進行詳細備案，填寫研發費用的具體明細等信息。若是在企業認定之后忽略了備案工作，就會出現享受不到國家給予的所得稅優惠政策的風險。

（二）高新技術企業資格審核不合格

企業在獲取到高新技術企業的資格證以后，時隔三年就需要進行一次復審，依據復審需求來提供資料。若是所提供的資料不滿足高新技術企業的復審要求，就需要對高新技術企業的資格證給取消掉，進而出現補繳稅款的風險。

（三）財務處理的不規范

1.會計核算方面不夠規范，沒有建立研發支出賬戶。高新技術企業對科研項目進行研究時所花費的項目，是需要構建一個單獨的研發支出科目，來進行單獨核算，并且把開發支出與研究支出這兩方面進行分別核算，應該給予一些資本化與費用化的研究資金。若是企業利用下設研發支出或是管理費用科目進行核算，就無法準確對費用化、資本化的金額進行劃分，依據我國扣除管理方法中有關規定，未建立專賬管理費用，在費用歸集方面不準確，致使其無法享受所得稅優惠，進而存在涉稅風險。

2.高新技術服務銷售的收入并未進行單獨核算。高新技術企業對高新技術產品要求收入單獨核算，若是與其他非高新技術產品銷售收入不能有效分開，這對于資格審查以及認定有巨大影響，進而出現涉稅風險。

3.研發費用未依據項目標準來進行準確歸集。高新技術企業在含有多個研發項目時，若是把其他項目費用分給創新性項目，這就致使了高新技術企業的研發項目的費用有所增加，提高了加計扣除的基數，進而出現涉稅風險。

（四）過分追求認定指標

1.在研發人員在確認方面不夠準確。高新技術企業主要發展條件就是企業研發人員的確定，企業從事研發或是有關技術創新活動的科技人員占企業職工總數的百分之十。因為企業中從事研發方面的工作人員較少，這便充分反映出了學歷證明以及工資薪金等不夠全面，造成科研人員在進行確認時也不夠充分，此種現象對于高新技術企業在復審過程中極為不利，會存在一定涉稅風險。因此需要加大對研發人員的確認程度，才會有效的控制涉稅風險發生。

2.研發費用的占比不夠合理。高新技術企業關鍵條件之二就是企業的研發費用，企業在不斷進行研發工作中，研發費用一定要符合企業的費用總額在銷售總額中的比例，依據企業的銷售收入額度來對其占比進行確定，銷售額越高所占據的比例越小。諸多企業為了滿足高新技術企業的條件，將一些不是高新技術產品獲取的成本費用也盡量的放在研發費用中，基于此來擴增研發費用的歸集范圍，進而影響研發期間的費用歸集，進而出現涉稅風險。

3.在高新技術產品的銷售在確認上不夠合理。高新技術企業關鍵條件之三就是對于高新技術服務收入以及技術性收入需要在企業總額的百分之六十以上。一些企業為了獲取客戶信任，進而贏得市場主體地位，時常會出現夸大企業規模，虛報高新技術服務收入，進而出現涉稅風險。